風和日麗的壹天，鈴木財團巨資營建的鈴木塔舉行了盛大的開幕典禮。柯南（高山南 配音）和好朋友們自然受邀參觀。誰知壹名遊客突然被遠處建築發射來的子彈狙擊身亡，柯南鎖定兇手果斷展開追擊，然而對方膽大非常，公然炸毀攔截他的警車，在重重包圍中脫身而去。在此之後，FBI和日本警方組成聯合調查總部，經朱蒂?斯泰琳（壹城美由希 配音）介紹得知，嫌疑人很可能是原美國海豹突擊隊狙擊手蒂莫西·亨特。戰功顯赫的亨特曾經獲得過銀星勛章，但是後來被戰友指控違反交戰原則，射殺了手無寸鐵的平民，此後他更在戰場上遭遇影響畢生的創痛，人生也徹底跌入低谷。此番他以神秘狙擊手的出現，顯然是想想那些毀滅了他的人生的人們復仇。 

狙擊事件接連而起，全東京陷入莫大的恐慌之中……